Os scripts de linha de comando do plesk ficam na pasta: %plesk_bin%

database.exe

Removendo o usuário meuUser do banco MeuBanco:

database.exe --update MeuBanco -remove_user meuUser

Criando o usuário MeuUser2 no banco MeuBanco com a senha 1234:

database.exe --update MeuBanco -add_user MeuUser2 -passwd 1234