O sistema de arquivos do arquivos, do linux é muito bem dividido, a principio pode parecer complicado, mas após compreendido é muito melhor aceito do que dos demais sistemas operacionais como o Windows por exemplo.

Bin:  É uma abreviação de binário (um binário é equivalente a um executável no windows), os binários que geralmente os usuários podem executar ficam dentro do bin.

Ex:  comando ls … cd…. cat

Boot: É um diretório de boot do processo de carregamento desde a bios até que o sistema esteja pronto, 

Dev: Todos os dispositivos do sistema ficam dentro do /dev 

Ex: pendrive, hd, teclado etc..

Etc: Diretório de configuração, ou seja qualquer pacote/programa que for instalado geralmente é criado uma pasta dentro do /etc com o nome do programa. 

Home: Diretório onde fica os usuários, todos os usuários vão ter um diretório dentro do home

Lib / Lib64: Se remete as bibliotecas dos programas instalados seja ele 64 ou outra arquitetura

Media:   Local onde os dispositivos são montados. Ex: um pendrive colocado no computador ele vai ser montado no /media 

mnt: Local reservado para dispositivos que vão ser montados futuramente. Ex: eu tenho um servidor a 2 anos e só agora vou adicionar um HD ai ele é montado no /mnt

opt:  Opt é de optional diretório usado para colocar a instalação de programas externos instalados que não estão no pacote da distribuição.

Proc:    Ele é um “pseudo” sistema de arquivos, nele você pode obter informações de periféricos do sistema por exemplo, cpuinfo que vai ter informações do processador (quantidade de core, modelo, clock e etc ), dentro da pasta proc também fica uma pasta com pid de cada processo, por exemplo caso você abra o firefox ele ira obter um pid e então criar uma pasta com esse pid dentro de proc (Ex: /proc/2315) e dentro dessa pasta mostra tudo que o processo no exemplo dado o firefox, ira mostrar tudo que ele esta utilizando.

Root: É exclusivo do usuário root ele é como se fosse a home do usuário root

Run: Diretório onde se coloca arquivos que estão sendo executando no momento e também são temporários

Tmp:  Bem semelhante ao /run, e sempre que o sistema é reiniciado tudo que se encontra nessa pasta é limpo quando reiniciado o sistema.

Sbin: A pasta sbin são os binarios do sistema, por exemplo o fsck, que só pode ser executado pelo root, por isso ele ficam separado dos outros binarios

Sys: E um diretorio bem semalhante ao proc, você tem informações de hardware, drives, modulos, gerenciamento de hardware, gerenciamento de energia. 

Usr: Ele é direcionado ao usuário ele é uma espécie de / do usuario

Var: Tem diversos usos diferentes, o seu uso mais comum é o log (geralmente os arquivos de log dos serviços ficam em /var/log), também é muito usado para filas (/var/spool)