Os scripts de linha de comando do plesk ficam na pasta: %plesk_bin%
database.exe
Removendo o usuário meuUser do banco MeuBanco:
database.exe --update MeuBanco -remove_user meuUser
Criando o usuário MeuUser2 no banco MeuBanco com a senha 1234:
database.exe --update MeuBanco -add_user MeuUser2 -passwd 1234